Den fredede hovedbygning til Jungetgård blev opført i midten af 1500-tallet af Herman Skeel på et firkantet voldsted omgivet af grave. Herman Skeel var rentemester for Chr. 3. og landsdommer. Den vinkelformede hovedbygning med spærremur ligger mod sydøst. Sydfløjen, der er den bedst bevarede bygningsdel, er bygget dels i et stokværk med kælder, dels i to stokværk uden kælder. Den bedst bevarede bygningsdel er sydfløjen i ét højt stokværk over en fladloftet kælder. Den har kamtakkede gavle mod vest og øst, og vestgavlen er bedst bevaret med vandrette rundstave og fladrundbuede loftglugger.
Da Herman Skeel døde i 1555, blev den nyopførte Jungetgård overtaget af hans søn Albert Skeel, der havde et meget iltert sind. Han blev i 1609 henrettet i Horsens, fordi han havde stukket en mand ned under en retssag i Viborg. Der gik en vandrehistorie om, at behjertede undersåtter i nattens mulm og mørke havde begravet ham under prædikestolen i Junget kirke. den historie fik sin egen bekræftelse, da man i 1980'erne skulle lægge nyt gulv i Junget kirke. Da fandt man under prædikestolen et skelet, hvor hovedet var liggende ved siden af. Så det man i nogle århundreder havde gået og snakket om her i Junget, havde været sandt.
I midten af 1600-tallet nåede Jungetgård sin største udstrækning. 530 tdr htk bøndergods under Hans Steensen Bille, heraf hovedgårdens 48 tdr., den største besætning i det dengang nye Viborg amt.
Gennem årene har stedet hyppigt skiftet ejere. Som stort set alle andre herregårde blev Jungetgård udstykket fra starten af 1900-tallet, hvorunder også alsbygningerne blev revet ned. Snart blev stedet opkøbt af et konsortium, og blev kort efter købt af familien Pedersen, der ejer stedet i dag. Altså privat ejendom.